第16集 孟繁明险被日军士兵击毙

　　戴涛与李全有以及浦生想在教堂避难，法比不同意三人在教堂避难，赵玉墨非常同情年纪最小的蒲生，好说歹说终于说服法比收留三个外来者。戴涛想到柴房避难，法比提醒戴涛应该藏到地窖里面，地窖比柴房更隐蔽，日本人如果一旦进入教堂不一定找得到藏在地窖中的三个中国士兵。戴涛同意藏在地窖里面，法比要求戴涛留下手枪，戴涛不愿意交出手枪，法比提醒戴涛已经进入美国人管治的教堂中，因此必须服从教堂的相关规则，赵玉墨觉得法比的要求不过份，说服了戴涛交出手枪，法比得到手枪依然没有罢休，继续要戴涛把身上的手雷也交出来，戴涛不同意法比的要求，手雷是他准备自杀的工具。一旦日本人闯入教堂发现三个中国士兵，戴涛就拉响手雷自杀。南京沦陷已经过去五天，老沈准备离开教堂，法比劝说老沈留在教堂里面，教堂的食物虽然紧缺，但多老沈一人也无关紧要，虽然法比极力劝说，但老沈不愿意留在教堂里面，死去的父母妻子依然不见尸首，老沈决定趁着帮日本人运尸的机会寻找家人的遗体。日军大佐进入南京城之后一直在寻找当地官员，孟繁明错失离城的轮船被困在南京城中，日军大佐叮嘱手下人全城寻找孟繁明。孟繁明出门上街张贴告示，两名日军士兵发现了孟繁明，孟繁明大惊失色向日军士兵表明平民身份，两名日军士兵听不懂孟繁明说的中国话，两人嘻嘻哈哈举起步枪向孟繁明连开数枪，孟繁明命大福大在日军的枪声中成功逃走。日军大佐来到藏玉楼，藏玉楼曾是有名的妓院，自从日军攻破南京城，藏玉楼已经人去楼空一片冷清，日军大佐来到楼中找了一个地方坐下，手下人毕恭毕敬替日军大佐擦军靴。日子在绝望中坚难挪动，洋人神父起了一个大早，脸上挂着倦意盘问法比之前在干什么，法比之前收留了三个中国士兵，洋人神父蒙在鼓中根本不知道教堂又多了三个成员。法比没有把收留三个中国士兵的真相说出来，而是谎称之前几个妓女喝醉酒吵吵闹闹，洋人神父不相信法比的话，提醒法比如果说谎骗人就得被罚站。李全有在地窖休息不小心碰到豆蔻，豆蔻惊声尖叫认为李全有心怀不轨，李全有拿豆蔻无可奈何，提醒豆蔻不要自以为是误会他，他已经受伤不轻根本没有心思调戏女人，之前只是一不小心碰到了豆蔻。戴涛准备离开教堂，赵玉墨提出跟着戴涛一起离开教堂。

　　第17集 孟繁明被迫替日军办事

　　乔治在厨房烧热水，几个妓女来到厨房向乔治讨热水，乔治提醒众人不要浪费水源，之前因为住进了三个中国士兵，其中还有两个是伤员，乔治已经使用了很多热水照顾伤员。妓女们见乔治不愿意提供热水，脸上升起失望离开厨房，红绫留了下来与乔治闲聊，在闲聊过程中红绫亲吻了乔治，乔治还是第一次跟女人接吻，一时之间有些不知所措，红绫察觉到乔治神色异常，脸上升起一丝惊讶盘问乔治是否是初次与女人接吻，乔治没有否认红绫的猜测，红绫哭笑不得嘲笑乔治已是二十几岁的爷们还从没跟女人接吻。夜幕笼罩整座南京城，日军又在屠杀中国百姓，安全区的两个洋人劝阻日军屠杀中国百姓，两个日军士兵不听洋人劝阻开枪杀害了十几个中国人，由于天色很晚，日军士兵决定改天再枪杀剩下的中国人，孟繁明藏在旁边目睹日军士兵杀人不眨眼，心中升起恐慌转身就想走，一个日军士兵发现了孟繁明，孟繁明焦急不安向洋人求助，另外一个日军士兵拿着一张相片来到孟繁明面前对照，孟繁明跟相片中的人长得一模一样，日军士兵将孟繁明带到长官黑岩的办公室。黑岩一直在寻找孟繁明，孟繁明是南京城的交通部长，黑岩希望孟繁明能提供南京城的交通地形示意图。孟繁明在黑岩的逼迫下同意寻找地形图，黑岩送了一本通行证给孟繁明，孟繁明带着通行证前往安全区，路上一个日军士兵叫住了孟繁明，孟繁明出示黑岩赠送的通行证，日军士兵盘问孟繁明要去何处，孟繁明一脸神秘声称受黑岩命令不便透露出行目的，日军士兵相信了孟繁明的话，孟繁明从一辆卡车旁边经过，被关在卡车上的中国人低声咒骂孟繁明是汉奸。孟繁明向安全区走去被一个洋人叫住，洋人下车来到孟繁明身边透露孟书娟的下落，孟繁明得知女儿平安无事，心中升起激动向洋人表达谢意。洋人提醒孟繁明借着帮日本人办事的机会弄食物给教堂的女学生们，孟繁明一身轻松快步向前走，心中时喜时悲即想大声痛哭又想高声欢呼。教堂水源紧张，妓女们与女学生为了争夺水源发生冲突，赵玉墨提醒法比到教堂不远处的河边挑水，法比做好出门准备的时候，阿顾要求代替法比出门挑水，法比同意了阿顾的要求，阿顾穿着神父衣服在水桶上挂着一面美国国旗到河边挑水。驻守在河边的几个日军士兵发现了阿顾，阿顾吓得举起双手面对日军士兵，其中一个日军士兵认出了阿顾身上的神父衣服，举枪的日军士兵用日语盘问阿顾是否是教堂的神父。

　　第18集 孟书娟不肯离开教堂

　　大家总为喝水的问题打架，玉墨告诉法比之前她们逃命来教堂时遇到一个小河岔，离教堂只有十五分钟的路程，可以去那里取水。阿顾穿上神父的神袍扛着木桶去了小河岔取水，他刚扛着木桶要回去时被几名日军发现，他只好谎称自己是美国人。阿顾迟迟没有回来，法比很是担心，玉墨不明白孟书娟为何处处都针对她，于是玉墨去问法比。怕阿顾牺牲的法比没空理玉墨，他表示自己不知道原因，而且玉墨也该认清自己的身份，少与孟书娟接触更好。孟司长操着一口流利的日语来到便利店买下店里所有的巧克力，之后他拿着通行证来到了教堂。法比透过小窗户看到了孟司长，孟司长拿着一堆吃的告诉他自己来看孟书娟，他前脚刚进教堂，后脚跟着他的日军就赶回去跟黑岩久治报告。妓女们也看到了孟司长，她们以为他是来看玉墨的，就赶紧回到地窖通知玉墨，玉墨则不肯出去见他。孟司长看到女儿平安无恙也就放心了，他劝说孟书娟收拾行李跟他走，他一定想办法把女儿送出南京。女学生们看到孟司长胳膊上的日本箍纷纷说他成了汉奸，亲眼目睹日军是如何残暴杀戮的孟书娟一听到汉奸就很敏感，她不肯跟父亲走。孟司长失手扇了孟书娟一巴掌，之后他跟女儿道歉自己是太着急了，他费了很大的力气才找到女儿，孟书娟坚持不肯跟父亲走。孟司长告诉孟书娟，为了她自己做猪做狗做鬼都不在乎，孟书娟让他把教堂里的女学生都带出南京，这样就能证明他不是汉奸。把女儿一个人带出南京都很费劲，可面对女儿的要求他又不能不答应。孟司长只好表示他可以一次带走两个女孩试试，孟书娟让他尽快把同学们带走，她要求自己最后一个离开教堂。

　　第19集 阿顾与法比打水险丧命

　　玉墨叫住要走的孟司长，她这才知道孟书娟与孟司长的关系，孟司长本想自己有能力把玉墨也带走。玉墨让他不要再管多余的人，他身为孟书娟的爸爸，把自己女儿带走才是首要的事情。孟司长走后，孟书娟把糖果与巧克力分给同学们吃，这么久以来只以土豆为食的她们争抢着吃起了巧克力。阿顾迟迟不归，法比让乔治把汽油桶刷刷，之后他骑着三轮来到小河岔打水。孟司长回到家里找古董以及南京城市路线规划图，他看到日本箍上女儿的头发，拿起那根头发睹物思人。孟司长听到楼下有枪声，他小心地打开窗户，看到楼下一群日军拿中国人当靶子练习射击，同胞们就这样死在了日军的枪下。孟司长拿着规划图和名画来找黑岩久治，他请求黑岩久治可以通融一下，让他女儿以及同学离开南京，黑岩久治反问他是否找到女儿了，怕女儿受到伤害的孟司长只好谎称他还没找到女儿。黑岩久治告诉孟司长要带人离开南京很难，在此之前他还得拿来南京城里的其他图纸才行，为了女儿，孟司长点头答应。法比来到小河岔打水，他看到阿顾正在给日军烧水供他们洗澡，法比让阿顾找到机会赶紧逃跑，结果法比被日军发现，他赶紧撒腿就跑，阿顾在后面跟着他。法比骑上三轮车离开结果被街边的死尸绊倒，他与阿顾只好假装死尸。日军光着身子就跑了出来追他俩，他们不停地向二人隐藏的地方开枪，最后日军没找到他们便离开了。法比与阿顾好不容易才逃回教堂，法比让阿顾不要把他们经历的事情告诉教堂里的所有人，省的他们更心慌。玉墨为李全有换药，戴涛问她结束战争后要去哪里，玉墨表示自己还会留在藏玉楼。玉墨主动给戴涛换药，没接触过什么女人的戴涛赶紧拒绝了她。

　　第20集 戴涛离开教堂

　　玉墨还是帮戴涛换好了药，妓女们为了暖暖身子喝了神父放在地窖里的酒，之后放上小曲，一群人在地窖里跳起舞来。红绫还叫上了乔治与阿顾，玉墨与戴涛亲密地跳着舞。孟书娟发现了法比藏东西的柜子，她把里面的一串玩偶拿了出来。晚上法比来到告解室想一个人静静，结果看到了孟书娟，两人聊了起来，孟书娟知道法比所有的秘密，但她从不把法比干的坏事告诉神父。孟书娟告诉法比自己找到了他的藏宝库，法比看到她手上的玩偶便明白了，那玩偶是红楼梦里的女子们，可红楼梦是十二衩，这上面是十三个女人。法比把玩偶送给孟书娟，但他请孟书娟劝说女学生们一起住在地窖里，他总觉得要出事，看到法比苦苦相求，孟书娟只好同意。孟书娟透过地窖上的窗户发现里面的妓女们正与教堂里的男人们跳舞，孟书娟大骂她们不要脸，红绫立刻回嘴她也不是好人。法比让孟书娟去休息，之后他来到地窖把自己在城里亲眼所见日军的行为告诉妓女们，他让戴涛别忘记自己是军人。夜里戴涛离开地窖去阁楼吹风，玉墨跟他上了阁楼，两人聊起天来。戴涛告诉她自己是保定军校出身，家里都是军人，如果战争结束后她来保定找他，只要说是军政主任戴厚亮家，一定会有人给她指路。法比以为二人离开了教堂，现在出去就是送死，神父让法比把他们找回来，法比看到了正要离开的戴涛。戴涛告诉法比现在教导总队只剩下他一人，这教堂里的女人们活下来都不容易，他希望法比能守住教堂里的女人们，只有法比照顾好她们，他死去的兄弟们才没白白丧命。不管法比怎么劝说，戴涛依旧不肯在教堂里苟活。玉墨告诉法比，王小妹的药没了，法比与玉墨开车去安全区找威尔逊大夫拿药。