《特定资产管理合同内容与格式指引》3月发布实施后，基金专户理财业务进入实际运作阶段，前期与基金公司已经达成合作意向的客户陆续进入签约阶段。不少基金公司已完成了向证监会备案的程序，陆续开设账户开始入市。
　　
　　但作为新生事物，专户理财业务一些有争议的细节有待进一步完善，如交易分配制度采用哪类模式、有否税收优惠、同一委托人不同专户账户是否应看作一个账户等。
　　
　　专户交易如何分配
　　
　　业内人士指出，由于交易制度、清算方式等不尽相同，与海外基金专户相比，目前专户理财的投资运作上还有一些方面有待明确或完善。
　　
　　比如公平交易制度。对此，监管部门相当重视，做了大量防范工作，并颁布了《证券投资基金管理公司公平交易制度指导意见》，涉及到一级市场申购、二级市场交易等所有投资管理活动，包括授权、研究分析、投资决策、交易执行、业绩评估等投资管理活动相关的各个环节。
　　
　　但目前对于专户与专户之间的交易分配到底采取何种公平模式似乎未有统一的公开标准。业内人士认为，在专户理财业务发展起来之后，随着账户的增多，交易分配可能会成为各方关注焦点。如专户管理人旗下10个账户要共买入1000万股同一只股票，最终当天只买入500万股，其股价第二天便开始大幅上扬了，那么如何分配这500万股。
　　
　　据介绍，在一些基金专户交易程序中关于公平交易有几种模式，如时间优先、权重优先等。通常，基金基本上选择时间优先。“但是时间优先有时候也难以确定，比如一个专户经理管理几个账户同时下单买入某只股票，那如何确定谁更优先。”不过，一家基金专户负责人指出，在海外虽然实行二级清算，但无法尽善尽美，在分配过程中有不少充满猫腻行为，目前要做的只是需要对如何分配作出一个明确认定，以尽量达到相对公平。
　　
　　能否享受税收优惠
　　
　　此外，专户理财业务有否税收优惠目前各方似乎也有不同看法。对于公募基金，税收优惠相当明确。财政部、国家税务总局日前下发的《关于企业所得税若干优惠政策的通知》，继续对证券投资基金作出税收优惠。基金从证券市场中取得的收入，包括买卖股票、债券的差价收入，股权的股息、红利收入，债券的利息收入及其他收入，暂不征收企业所得税；对投资者从基金分配中取得的收入，也不征收企业所得税。
　　
　　但是对于基金专户税收问题，目前没有相应的具体规定。有人认为，专户也可以按照基金的待遇享受税收优惠。但也有专家指出，专户和基金性质不同，目前并没有针对专户的税收优惠政策，在专户委托财产运作过程中涉及的各纳税主体，应该按国家税收法律法规履行各自的纳税义务。
　　
　　此外，目前专户理财业务采用的是一对一的委托方式，在这个意义上，资金所有权并未发生转移。那么，不排除发生这类情况，即一家大企业分别委托几家基金公司运作专户，这几个账户同时买入一家上市公司股份超过5%，如何界定这种情况是不是需要举牌是一个问题。因为分属于不同基金公司旗下的专户账户事前无法协调，这种情况是不是应该认定为被动持有，从而不必遵守“买入后6个月内卖出，收益归公司所有”的规定。
　　
　　对此，一家基金专户负责人表示，一项新业务总会面临一些模糊地带，可以在推进中逐步完善，这需要市场参与各方的共同努力。但在目前运作中，对于没有明确规定的，应尽量避免涉及，以免承担不必要的风险。